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履歴

• 平成17年3月 京都大学工学部情報学科卒業 （社会情報学専攻 分散情報システム研究室）
• 平成17年4月 京都大学大学院情報学研究科入学 （知能情報学専攻 生命情報学講座）
• 平成19年3月 同卒業
• 平成19年4月 同専攻博士後期課程入学（進学）
• 平成22年3月 同専攻博士後期課程卒業
• 平成22年4月-平成30年3月 東京大学分子細胞生物学研究所　助教
• 平成30年4月-平成31年3月 東京大学定量生命科学研究所　助教
• 平成31年(令和元年)4月-令和4年6月 東京大学定量生命科学研究所　講師
• 令和4年7月-現在 東京大学定量生命科学研究所　准教授

学位

• 博士号（情報学）

研究テーマ

• 大規模NGSデータを用いたデータ駆動型解析
• マルチオミクスデータを用いた新規の機能制御ゲノム領域の探索
• 遺伝子発現制御におけるゲノム立体構造の機能解析
• 深層学習技術を用いたエピゲノム解析手法の開発
• 遺伝子ネットワークの構築・解析手法の開発
• シングルセルデータ軌道解析による細胞運命制御解析

業績

• 論文誌
  • Publication参照
• 招待講演
  • ゲノム立体構造解析とHiC1Dmetricsの紹介, Bio"Pack"athon 2024 #10, オンライン, 2024年10月9日.
    （TogoTVで本講演の録画が視聴可能です：HiC1Dmetricsを用いたゲノム立体構造解析）
  • Computational pipelines for integrative analysis of multi-omics data, Asia Pacific Spatial Omics Technology 2024 (APSOT2024), the National Taiwan University Cancer Center (NTUCC), 台北市, 台湾, 2024年5月24日.
  • 大規模データを用いたデータ駆動型ゲノム解析：高次ゲノム機能の体系的解明を目指して, がん研究所セミナー, 東京都江東区, 2024年1月16日.
  • 大規模マルチオミクス解析で解明される転写・ゲノム立体構造におけるコヒーシン複合体の役割, 健康疾患オミクスセンター オミクス解析セミナー, 千葉大学, 千葉市, 2023年12月19日.
  • Large-scale multi-omics analysis to explore the function of cohesin complex, NTU-UTokyo Joint Conference 2023, 国立台湾大学, 台北市, 台湾, 2023年12月8日.
  • Large-scale computational genomics: tools for decoding genomic features, Human Genetics Asia 2023, 東京都千代田区, 2023年10月14日.
  • 大規模データセットを駆使したデータ駆動型エピゲノム解析：国際ヒトエピゲノムコンソーシアムIHECを中心に, 第16回日本エピジェネティクス研究会年会, 東京都千代田区, 2023年6月19日.
  • 大規模ゲノム解析でひもとく染色体構造を介した遺伝子発現制御：コヒーシン複合体機能解析を中心に, 日本生化学会東北支部第89回例会, 宮城県仙台市, 2023年6月3日.
  • 大規模マルチオミクスによるデータ駆動型ゲノム解析, AiT Web Seminar, 大阪大学, オンライン, 2022年1月14日.
  • シングルセル発現量データを用いた遺伝子共発現ネットワークの構築と比較, 大阪大学医学系研究科第２回バイオインフォマティクスセミナー, 大阪大学, オンライン, 2021年10月19日.
  • Large-scale analysis of multi-omics data toward the elucidation of epigenomic diversity, 第2回 ASHBi数理生物研究集会, 京都大学, オンライン, 2020年9月4日.
  • 細胞社会ダイバーシティーをひもとく1細胞情報解析の新展開, 第4回Kyushu Bioinformatics Community (KBC)勉強会, 九州大学馬出キャンパス, 2020年2月19日.
  • 染色体構造を介した遺伝子発現制御を読み解くゲノム統合解析, RNAフロンティアミーティング2019, 静岡県伊豆市, 2019年9月25日.
  • Comprehensive epigenome characterization reveals the diverse transcriptional heterogeneity across human vascular endothelial cells, 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンターセミナー, 京都府宇治市, 2019年2月1日.
  • バイオインフォマティクスで切り開くエピゲノム解析, HEIAN (Heart rhythm interdisciplinary Association) Forum 2017, 神奈川県横浜市, 2017年9月16日.
  • ゲノムのダイナミズムを解き明かす大規模ChIP-seq解析, 理研シンポジウム「細胞システムの動態と論理 IX」, 埼玉県和光市, 2017年4月13日.
  • 次世代シーケンサを用いたタンパク結合部位解析技術（ChIP-seq 法）による網羅的ゲノム解析技術の開発とその実際, 第20回インターゲノミクスセミナー, 神戸大学, 兵庫県神戸市, 2012年10月5日.
• 口頭発表
  • Large-scale multi-omics analysis to dissect the context-specific role of cohesin in chromatin folding and gene expression, CEEHRC 9th Annual Canadian Conference on Epigenetics, Banff, Alberta, Canada, Nov, 2023.
  • Context-dependent 3D genome regulation by cohesin and related factors, 第3回Hi-C研究会, 神戸, 5月, 2023.
  • Context-dependent regulation of gene expression and 3D genome structure by cohesin, 第45回日本分子生物学会年会(MBSJ2022), 幕張, 12月, 2022.
  • シングルセル解析のための情報解析技術の現状と展望, 第42回日本分子生物学会年会(MBSJ2019), 博多市, 12月, 2019.
  • Integrated analysis of gene expression and chromatin folding regulated by cohesin, cohesin loader and CTCF, 第13回国際ゲノム会議, 千代田区, 6月, 2019.
  • シングルセルRNA-seqのためのデータ高感度化及び数理モデリング手法の開発, 第41回日本分子生物学会年会(MBSJ2018), 横浜市, 11月, 2018.
  • Comparison of genome-wide binding sites for cohesin and related proteins for investigation of transcriptional regulation function, 国際高等研究所 (IIAS) Research Conference 2014 "Chromatin Decoding" (Short talk), Kyoto, Japan, May, 2014.
  • A novel method for reducing computational complexity of whole genome sequence alignment, In Proceedings of The Sixth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2008), pp.101-110, Kyoto, Jan., 2008.
• 執筆
  • 中戸隆一郎, Dockerプラットフォームを用いたシングルセル解析支援, 羊土社「実験医学」増刊号 Vol.39 No.12, 2021年7月, P1993-1999.
  • 中戸隆一郎, 探索型解析によるクロマチンNGSデータ分析のコツ, 羊土社「実験医学別冊 クロマチン解析実践プロトコール」, 2020年12月.
  • 仲嶋 なつ, 阿久津 達也, 中戸 隆一郎, シングルセルデータを用いた共発現遺伝子ネットワークと排他的発現遺伝子の推定手法, ニュー・サイエンス社「細胞」Vol. 52, No. 13, 758-760, 2020年11月.
  • 中戸隆一郎, シングルセルRNA-seq情報解析最前線, 羊土社「実験医学」増刊号 Vol.37, No.20 2019年12月, P3353-3359.
  • 中戸隆一郎, エピゲノム解析最前線―ChIP-seq解析法の現在と未来, 医学書院「生体の科学」68巻 3号, 2017年6月, pp. 204-208.
  • 中戸隆一郎, 和田洋一郎, 白髭克彦, エピゲノムのダイナミズムを解き明かす大規模比較解析 ―血管内皮細胞を例に, 羊土社「実験医学」増刊号 Vol.34, No.10, 2016年6月, P1562-1568.
  • 中戸隆一郎, 伊藤武彦, 白髭克彦, 次世代シークエンサーによる染色体構造解析, 羊土社「実験医学」Vol.30, No.6, 2012年4月号, P976-982.
  • 後藤修, 中戸隆一郎, 岩田浩明, ゲノム配列間ならびにゲノム配列と遺伝子転写産物配列間の比較法とその応用, 動物遺伝育種研究, ミニレビュー, 36, p177-p183, 2008年.

獲得研究費

• 科研費・JSTプロジェクト: GRANTS (KAKEN)
• AMEDプロジェクト: AMEDfind
• 民間研究費:
• 公益財団法人アステラス病態代謝研究会研究助成 (2022年度)「先天性遺伝子疾患の機序解明のための時系列ゲノム解析」
• 住友財団基礎科学研究助成 (2022年度)「新規の重要遺伝子探索のための符号付きネットワークを用いたシングルセル解析」
• iPSアカデミアジャパン研究助成 (2020年度)「希少疾患由来 iPS 細胞を用いた細胞分化系譜破綻の機序解明のための１細胞解析系の確立」

研究活動

• JST ACT-X「生命と情報」領域アドバイザー（2024年度～）
• 主宰：マルチNGSオミクス解析研究会, オンライン, 2021年1月～2022年3月.
• オーガナイザー：第11回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2022) ワークショップ「大規模NGSデータを基盤としたゲノム解析」, 豊中市, 9月, 2022.
• オーガナイザー：第43回日本分子生物学会年会 ワークショップ「シングルセル解析と異分野融合アプローチによる細胞社会ダイバーシティーの理解」, オンライン, 12月, 2020.
• オーガナイザー：第42回日本分子生物学会年会 ワークショップ「細胞社会ダイバーシティーの統合的解明と制御に挑む１細胞・１分子計測の数理科学」, 博多市, 12月, 2019.
• オーガナイザー：第41回日本分子生物学会年会 ワークショップ「異分野融合で切り拓く細胞ダイバーシティー」, 横浜市, 11月, 2018.

参加プロジェクト

• 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム(IHEC) 第二期, 令和2年度 - 令和6年度
• 戦略的創造研究推進事業 (CREST/AMED), 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム(IHEC), 平成24年度 - 平成28年度

所属学会

• 日本バイオインフォマティクス学会（JSBi）
• 日本分子生物学会
• 日本生物物理学会
• 日本エピジェネティクス研究会